Didirikannya SMP Walisongo Karangmalang merupakan respon terhadap tingginya harapan masyarakat tentang perlunya lembaga pendidikan Islam berkualitas yang dapat menjamin mutu pendidikan agama dan akademik secara integral. Untuk menjaga kualitas pendidikan agama dan akademik, SMP Walisongo Karangmalang melaksanakan program pembelajaran dengan berpedoman pada Kurikulum Nasional dan Kurikulum Pendidikan Dasar dan Menengah PP Walisongo. Pelaksanaan kurikulum berasaskan Pancasila serta berakidah Islam, bersumber pada Alquran, dan sunah.

Perkembangan teknologi yang pesat merupakan peluang sekaligus tantangan dalam pendidikan. Penggunaan teknologi yang kurang tepat dapat membawa ke perilaku yang tidak diinginkan karena derasnya pengaruh dari luar. Berdasarkan permasalahan tersebut, SMP Walisongo Karangmalang mengembangkan program GoldenHabits. Program Golden Habits bertujuan mengarahkan siswa agar terbiasa melakukan penerapan kebiasaan baik. Di samping itu, berbagai program unggulan dilaksanakan dalam rangka pengembangan diri siswa untuk berprestasi. Prestasi tersebut meliputi prestasi akademik maupun non-akademik. Hal tersebut menjadikan lulusan SMP Walisongo Karangmalang unggul dalam prestasi dan berkarakter baik sesuai dengan norma sosial dan agama.

SMP Walisongo Karangmalang memiliki program Boarding School, dimana program tersebut saling berintegrasi dari pihak pondok maupun dari pihak Sekolah. Citra sebagai sekolah berbasis pesantren sangat berpeluang menjaring siswa dari luar Sragen, mengingat sekolah Islam yang berkualitas dan bermutu sangat diminati oleh masyarakat.

Kegiatan siswa di sekolah selama sehari penuh, memungkinkan terjadinya kejenuhan dan rasa tidak nyaman bagi siswa. Untuk mencegah permasalahan tersebut, SMP Walisongo Karangmalang memiliki fasilitas yang sangat memadai serta lebih unggul dari sekolah lain di Sragen. Pembelajaran non –akademik yang sangat beragam mendukung siswa tidak jenuh. Ruang kelas didesain nyaman dengan beberapa fasilitas yang mendukung pelaksanaan pembelajaran. Adanya ruang baca perpustakaan dengan nyaman untuk membaca. Seluruh fasilitas yang ada di SMP Walisongo Karangmalang diberikan perawatan secara berkala.

Penyusunan kurikulum ini salah satunya sebagai bentuk komitmen SMP Walisongo Karangmalang untuk mendukung upaya revolusi mental di bidang pendidikan. Tujuan dari revolusi mental di bidang pendidikan, khususnya bagi siswa SMP Walisongo Karangmalang adalah mengoptimalkan perkembangan jiwa siswa baik lahir maupun batin untuk menuju ke arah peradaban yang lebih baik.